حضرت آیت‌الله مصباح (ره) اهتمام زیادی به امر درمانی داشتند. تأمین نیازهای درمانی عموم مردم و تأسیس بیمارستان و درمانگاه و توجّۀ ویژه و مساعدت در امر هزینه‌های درمانی و دارویی از خدمات ویژۀ درمانی حضرت آیت‌الله مصباح است و نشان از توجّۀ فوق‌العاده ایشان به امور درمانی دارد. به‌خصوص این خدمات زمانی اهمّیت می‌یابد که با هزینۀ بسیار کم و گاهی رایگان صورت گرفته و دسترسی افراد نیازمند را به پزشکان تسهیل می‌کند. پرداخت هزینۀ درمانی نیازمندان در دیگر مراکز درمانی و بیمارستانی از خدمات قابل‌قدری است که آیت‌الله مصباح آن را در دفتر خود پایه‌گذاری کرده‌اند. بخش عمدۀ از خدمات دفتر آیت‌الله مصباح ارائۀ خدمات درمانی به نیازمندان است. این خدمات را به صورت زیر می‌توان دست‌بندی کرد:

درمانگاۀ عمومی شماره 1 و 2

زمانی که حضرت آیت‌الله مصباح زائرسرا را در محل حسینیه ایجاد کردند، ابتدا جهت مسایل اورژانسی پرستاری در حسینیه مستقر کردند. در مرور زمان متوجه اهمیت این مسئله شدند و درمانگاه شماره یک را در محل حسینیه تاسیس کردند. این درمانگاۀ عمومی شامل بخش‌های تخصّصی قلب، اکوکاردیوگرافی، رادیولوژی، سونوگرافی، آزمایشگاه، پزشکان عمومی و متخصّص جهت آقایان و خانم‌ها در تخصّص‌های گوناگون بود. درمانگاۀ شمارۀ یک واقع در کوچۀ حاج ابراهیم به مراجعین خدمات ارائه می‌کرد. درمانگاۀ شمارۀ دو واقع در مجتمع مسکونی چوبدار فعالیّت می‌کرد. هزینه‌های درمانی این درمانگاه و بیمارستان بسیار کمتر از هزینه‌های سایر مراکز خیریّه درمانی است. خانواده‌های ایتام و محرومین تحت پوشش خیریّه آیت‌الله مصباح از خدمات درمانی رایگان استفاده می‌کنند.

بیمارستان و زایشگاۀ تخصّصی زنان

بعد از مدتی از تأسیس درمانگاه، حاج آقای مصباح متوجه شدند که درمانگاه مراجعان زیادی دارد و خیلی به درد طلاب حوزه و فقرا می‌خورد.  برخی از بزرگان به ایشان پیشنهاد کردند که در مشهد بیمارستانی برای زنان که همۀ کارکنان آن خانم باشند، وجود ندارد. اگر بیمارستانی تأسیس شود که همۀ عوامل آن زنان باشند و حتی نظافت و بیهوشی توسّط زنان انجام بگیرد، بسیار مفید است. این پشنهاد موجب شد که حاج آقا تصمیم گرفتند بیمارستان امام هادی (علیه‌السلام) را تأسیس کنند. بعد از تأسیس این بیمارستان، در بخش‌های گوناگون آن حدود 50 پزشک عمومی و متخصص مشغول همکاری شدند. 

مرکز مددیاری پزشکی فاطمیّه (سلام‌الله علیها)

مرکز مددیاری، درمان و امور پزشکی فاطمیّه (سلام‌الله علیها) قدمت زیادی دارد. مراجعین به بیمارستان‌ها اگر توان پرداخت هزینه‌های درمان را نداشته باشند و هنگام ترخیص بیمار با مشکل مواجه شوند، به این مرکز مراجعه و پس از تحقیقات به آن‌ها کمک می‌شود. همچنین در مواردی که عمل جراحی مورد نیاز بیماران در بیمارستان امام هادی (علیه‌السلام) ممکن نباشد، بیماران به سایر مراکز درمانی معرفی و هزینه‌های مربوطه توسّط دفتر حضرت آیت‌الله مصباح موسوی تأمین می‌شود.

خدمات خاص درمانی

از آن‌جایی که خدمت به عالمان شیعه به هر طریق ممکن از ویژگی‌هایی مرحوم آیت‌الله مصباح بود. ایشان در امر خدمت دارای نو‌آوری‌های مخصوص به خود بودند. یکی از خدمات جالب ایشان ارائه خدمت به عالمان و بزرگانی بود که نیاز به پرستار و مراقبت در محل خاصی داشتند. ایشان قسمتی از بیمارستان امام هادی (علیه‌السلام) را به این امر اختصاص داده و امکانات انسانی، رفاهی و پزشکی لازم را فراهم کرده بودند. از جمله افرادی که در این محل پرستاری و رسیدگی شد می‌توان به حضرات زیر اشاره کرد:

مرحوم آیت‌الله سیّد محمّدباقر حجّت طباطبائی به مدت بیش از دو سال.

مرحوم آیت‌الله حاج سیّد ابراهیم علم‌الهدی (از شاگردان برجستۀ مرحوم آیت‌الله العظمی میلانی.

مرحوم آیت‌الله حاج شیخ عبد‌النبی کجوری.

مرحوم آیت‌الله حاج سیّد ابراهیم حجازی.

به‌همین جهت مرحوم آیت‌الله سیّد محمّد‌باقر حجّت طباطبائی می‌فرمودند که حضرت آیت‌الله مصباح در حقّ من پدری کرده است و در واقع ایشان پدر مهربانی برای حوزۀ علمیّۀ مشهد بودند.